Національний музей-садиба розташований у мальовничому парку на березі озера на південно-західній околиці Вінниці. Відкрився в садибі «Вишня», де протягом останніх 20-ти років свого життя мешкав і працював видатний вчений, хірург, творець воєнно-польової хірургії, засновник Товариства Червоного Хреста, педагог і громадський діяч Микола Пирогов. 

Садибу «Вишня» Пирогов придбав у спадкоємців доктора медицини Гриколевського на торгах у Києві 1859 року, працюючи на посаді попечителя Київського навчального округу. Він упорядкував занедбане господарство, збудував новий будинок та аптеку, посадив фруктовий сад. Тут Пирогов приймав пацієнтів і проводив складні хірургічні операції.

Звідси Микола Іванович виїздив тричі. В 1862-1866 рр. він керував підготовкою молодих вчених у професорському інституті в Німеччині. 1870 року Пирогов як представник Товариства Червоного Хреста виїздив на франко-прусську війну, а 1877 року — на російсько-турецьку.

Урочисте відкриття музею відбулося 9 вересня 1947 року і було присвячене 100-річчю з дня застосування М. І. Пироговим, вперше в історії світової медичної практики, ефірного наркозу на полі бою. Одночасно тут було відкрито і пам'ятник науковцю — погруддя на гранітному постаменті.

До складу музею-садиби входять:

• будинок, в якому жив М.І Пирогов, і де розміщена експозиція про його життя і діяльність.
• музей-аптека з інтер'єрами приймальні та операційної М. І. Пирогова в його садибі Вишня. 
• церква-некрополь, де покоїться набальзамоване тіло ученого.
• меморіальний парк, в якому збереглися дерева, посаджені М.І. Пироговим.

Нині музей-садиба Миколи Пирогова відноситься до найважливіших об'єктів культурної спадщини України і займає особливе місце у внутрішньому і міжнародному туризмі.